2階の展示室
美術館の受付を入って左側の階段（赤矢印）を上がり、2階からが順路です。
上がってすぐの小さな展示室アートスペースでは位里・スマ・俊の作品を展示するほか、
企画展と連動した特別展示も行います。
また貸し画廊としてお使いいただくこともできます（詳細はこちら）。
原爆の図展示室1では年間を通して原爆の図を展示しています。
1階の展示室
青矢印の階段を下りて、手前の部屋から順路が続きます。
原爆の図展示室2、3は原爆の図常設の部屋ですが、企画展が拡大されることもあります。
冬季の原爆の図休養期間には位里・スマ・俊の作品を展示します。
展示室4、5は企画展や、位里・スマ・俊の作品を展示します。
企画展示室は年4回程度の企画展に使用されます。
1階の一番奥にある新館ホールには《アウシュビッツの図》、《南京大虐殺の図》、《水俣の図》、
《水俣・原発・三里塚》という4点の丸木夫妻共同制作が常設展示されています（右写真）。
いずれも原爆の図よりも大きな迫力ある作品群です。
館内の休憩施設など
2階アートスペースの南側に休憩室があります。見晴らしのよいベランダからは都幾川、比企丘陵、秩父連山が見え、
晴れた日の眺めはすばらしいです。
1階展示室4からは休憩室兼図書室として開放している小高文庫に上がれます
（緑矢印）。窓からは桜の枝越しに都幾川の自然が眺められます。
武州松山本陣小高家（現在の埼玉県東松山市本町）の書庫で、1970年に地元の有志が丸木夫妻との交友の証として寄贈したものです。
丸木夫妻はこの和室をアトリエ兼書斎として長く愛用していました。
小高文庫のページでは、ボランティアの方が整理してくれた蔵書（原爆関連）の
リストを公開していますので、ぜひご覧下さい。
1階奥の新館ロビーには、交流のある施設の資料や署名用紙が置かれています。講演会や上映会の会場にもなります。
壁には歴代の丸木美術館企画展のチラシが展示してあります。また、地元の松山女子校から寄贈された広島県産業奨励会館（原爆ドーム）の
復元模型もご覧いただけます。
ロビーでの物品販売
出入口のロビーでは丸木夫妻の著作、絵本や美術館の制作した図録、物品を販売しています。
通販もお受けいたしますので、ショップページをご覧ください。